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Im Staffelfinale wartet ein sehr persönlicher Fall auf Dr. Rosen (David Strathairn). Die Alphas verfolgen Isaac (Evan Sabba), ein Mitglied der Red Flag, der mehrere Initiatoren des Alpha-Programms ermordet hat. Isaak ist allerdings selbst auf der Jagd. Sein Ziel: Danielle (Kathleen Munroe), Dr. Rosens Tochter. In letzter Sekunde gelingt es Hicks (Warren Christie) Isaac zu töten, bevor das Mädchen ihm zum Opfer fällt. Zurück im Hauptquartier der Alphas gesteht Dani, dass sie die Kette eines Red Flags gestohlen hat. War das Schmuckstück der einzige Grund, warum Isaac es auf sie abgesehen hatte?