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Makoto Naegi, die Ultimative Hoffnung, und seine ehemaligen Klassenkameraden Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina und Yasuhiro Hagakure werden in ein verlassenes Gebäude der Hope's Peak Academy zusammengeführt. Die Stiftung Zukunft beschuldigt Makoto des Verrats, weil er die Überreste der Verzweiflung beherbergt hat und nimmt ihn in Gewahrsam.