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Officer Matsuda wird in dieselbe Polizeisektion wie Kommissar Sato versetzt. Vorher arbeitete er für das Bombenentschärfungskommando. Während eines Einsatzes wurde sein Kollege und bester Freund in die Luft gejagt. Nun geht im Präsidium wieder ein Fax ein, das gleich eine Serie von Bombenanschlägen ankündigt. Der Text der Bombendrohung enthält ein Rätsel, sodass die Polizei sowie Conan und seine Freunde den Ort der ersten Bombe lokalisieren können. Doch die Zeit drängt, da eine zweite Detonation wenig später folgen soll: Nur wo? Conan hat eine gewagte Theorie.