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Ein fliehender Shirō wird schließlich von Rin in die Enge getrieben, der anbietet, sein Leben zu schonen, wenn er ihr seine Befehlssiegel gibt. Er weigert sich jedoch und veranlasst Rin, zu versuchen, ihn zu töten. Beide werden dann unten von einem Schrei abgelenkt und er und Rin finden ein bewusstloses Mädchen. Als Rin versucht, sie zu heilen, fliegt ein Dolch durch eine offene Tür, gezielt auf Rin, aber Shirō blockiert ihn mit seinem Arm und verletzt sich dabei selbst. Er rennt nach draußen, um die Dienerin zu finden, die zur Reiterklasse gehört, und wehrt einen Angriff von ihr ab. Shirō erwägt, Saber über Command Seal herbeizurufen, kommt jedoch zu dem Schluss, dass es zu riskant ist, sie einzubeziehen, und beschließt, Rider selbst zur Rede zu stellen. Rider setzt ihren Angriff fort und Shirō wird von ihr fast getötet, bis Rin ihn rettet. Bei Rin zu Hause beschließen Shirō und Rin, einen vorübergehenden Waffenstillstand zu schließen, um Riders Meister zu finden. Später erfährt Rin mehr über Shirōs magische Ausbildung, was sie wütend macht, da Kiritsugu der Vaterschaft unkonventionell Vorrang vor der Verantwortung eines Magiers einräumt, was sie unverzeihlich findet. Shirō wird später von Archer nach Hause begleitet, der seine Missbilligung von Shirōs Idealen zum Ausdruck bringt und ihn warnt, dass Saber es nicht mögen wird, nicht kämpfen zu können, weil Shirō sich um sie sorgt.