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2034 n. Chr. Es ist zwei Jahre her, seit Motoko Kusanagi Sektion 9 verlassen hat. Togusa ist nun der neue Anführer des Teams, das sein ernanntes Personal erheblich aufgestockt hat. Der erweiterte neue Abschnitt 9 ist mit einer Reihe komplizierter Vorfälle konfrontiert, und Untersuchungen zeigen, dass ein ultra-magischer Hacker mit dem Spitznamen „Puppenmeister“ hinter der gesamten Ereignisreihe steckt.