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Ein Jahr ist vergangen, seit die Ereignisse am Berg Minakami, Sho und Agito verschwunden sind und Cronos die vollständige Kontrolle über die Welt übernommen hat, was das Leben in vielerlei Hinsicht beeinflusst. Tetsuro, Mizuki, Shizu und Yohei verstecken sich in einer kleinen Wohnung und warten auf die Rückkehr der Helden. Aptom spioniert sie aus und hält Cronos sogar von ihrer Existenz fern, wenn die Behörden sie entdecken. Bei Cronos, Dr. Balcus führt ein mysteriöses Experiment an einer neuen Kreatur durch und erhält den Besuch von Shin, einer der Zoalord-Götter, die ihn auffordert, am Toten Meer einzugreifen, wo ein seltsames Phänomen passiert.