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Zunächst scheint für die Ninja alles gut zu laufen: Lloyd agiert als Anführer, während Kai sich von seinen Fans feiern lässt, Jay interessiert sich besonders für Nya und Cole trainiert seine Geisterfähigkeiten. Doch währenddessen hat sich Klaus aus der Geisterwelt geschlichen und einen zwielichtigen Flaschengeist befreit. Dieser treibt nun sein Unwesen in der Stadt und gibt sich bei den Untaten, die er begeht, als die Ninja aus. Diese müssen nun schnell herausfinden, wer hinter dem Chaos steckt und handeln, bevor sich alle Bürger gegen sie gewendet haben und ihr guter Ruf vollends zerstört ist!