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Rebellen haben Pete Thornton in Mittelamerika in ihre Gewalt gebracht. Von mitinhaftierten Nonnen erfährt er, dass Rebellenführer Rafael ein Attentat auf Präsident Monteyo plant. Inzwischen erhält MacGyver den Auftrag, Pete zu befreien. Pilot Jack Dalton soll ihm bei dieser brandgefährlichen Aktion helfen. Als Waffenhändler getarnt machen sie sich auf den Weg.