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1967 entdeckt die Menschheit auf dem Mond eine feindliche außerirdische Rasse namens BETA. Trotz ihrer Versuche, sie aufzuhalten, landet die BETA 1973 auf der Erde, was zu einem langen, zermürbenden 30-jährigen Krieg führt, in dem die BETA den halben eurasischen Kontinent erobert, während die Menschheit sie nur aufhalten kann. 1998 ist Yui Takamura Schülerin der Kyoto Royal Guard Academy, wo sie zusammen mit ihren Freunden Aki Iwami, Izumi Noto, Shimako Kai und ihrem Rivalen Kazusa Yamashiro eine TSF-Pilotin der Kaiserlichen Garde wird. Während sich die asiatische Frontlinie verheerend entwickelt, trifft Yuis Onkel Eiji Iwaya Yuuhi Koubuin von der Shogunat-Familie wegen einer neuen Waffe, die helfen könnte, das Blatt gegen die BETA zu wenden. Während Yui und ihre Freunde sich im TSF-Kampftraining verbessern, wird die koreanische Halbinselwird von der BETA überrannt. Als die koreanische Front fällt und die BETA die japanischen Inseln überfällt, werden Yui und ihre Kadetten befohlen, der japanischen Armee bei der Verteidigung der Hauptstadt Kyoto zu helfen .