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Als ein instandgesetzter Reaktor auf der seaQuest wieder in Betrieb genommen werden soll, kommt es zu einem unerwarteten Zwischenfall: Das U-Boot gerät in ein schwarzes Loch und landet infolge eines rückwärtsgerichteten Zeitsprungs im Jahre 1962, genau am Tag der Beendigung der Kuba-Krise. Doch offenbar ist diesmal keine friedliche Lösung des Konfliktes gefunden worden, denn der Planet ist nach einem Atomschlag völlig zerstört. Hudson beschließt daraufhin, die Zeitreise der seaQuest noch um einige weitere Tage in die Vergangenheit fortzusetzen. Von dieser Zeitposition aus hofft er, dem katastrophalen Ausgang der Kuba-Krise eine andere Wendung geben zu können. Ford, Lucas, Henderson und Piccolo werden beauftragt, an Land zu gehen und die Ursachen für den Atomschlag zu recherchieren. Doch bevor die Besatzungsmitglieder mit hilfreichen Erkenntnissen zurückkehren, gerät die seaQuest in eine äußerst brisante Lage: Sie wird von den US-Streitkräften für ein U-Boot des russischen Gegners gehalten, das die vereinbarten Hoheitsrechte verletzt hat und damit einen militärischen Schlag provoziert…