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Eine Woche nach dem Vorfall ist Hibiki immer noch besorgt darüber, was Shirabe gesagt hat, während Tsubasa und Chris, die sich in die Akademie eingeschrieben hatten, bei den Vorbereitungen für ein bevorstehendes Schulfest helfen. Später in dieser Nacht werden Hibiki, Tsubasa und Chris geschickt, um ein verlassenes Krankenhaus voller Lärm zu infiltrieren, das von einem Gas betroffen ist, das ihre Synchronisation mit den Symphogears verringert. Dr. Ver erscheint bald und enthüllt, dass er Solomons Stock für sich selbst gestohlen hat und mit dem Feind zusammenarbeitet. Als Chris beginnt, von den Rückmeldungen zu den Angriffen ihres Symphogears betroffen zu werden, plant Ver, eine experimentelle neue Kreatur, die als Nephilim bekannt ist, auf die Stadt loszulassen und Tsubasa zu zwingen, ihr nachzujagen. Bevor Tsubasa die Nephilim zerstören kann, erscheint Maria erneut vor ihr, wobei Ver sie als Reinkarnation von Finé ankündigt.