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Als Sonic auf mysteriöse Weise verschwindet, nimmt Tails die Hilfe eines Doppeldeckerpiloten namens William Le' Duc und Professor von Schlemmer in Anspruch. Mit dem 'Sonic Sonar' des Professors werden sie in den Möbius-Dschungel geführt und ein Maya-Tempel taucht aus dem Nichts auf. Es ist ein magischer, verfluchter Tempel, der nur nachts erscheint, und Robotnik hat Sonic darin eingeschlossen. Tails und Freunde müssen die Gefahren des alten Tempels überwinden und Sonic vor Tagesanbruch retten, sonst sind alle für immer gefangen.