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Shaggy und Scooby sind von der Spielzeugfabrik begeistert. Denn dort befindet sich eine echte „Commander Cool“-Höhle mit ausgestopften Monstern. Plötzlich aber wird Alien, der größte Monsterfeind von Commander Cool, lebendig und greift die Kinder an. Shaggy verliert das Gedächtnis und glaubt, dass er nun in der Rolle des Commander Cool den Feind besiegen muss.