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Der Genii-Kommandant Kolya hat mit einer kleinen Truppe die Gewalt über Atlantis übernommen. Während Major Sheppard ihm entwischen konnte, hat er Dr. Weir und Dr. McKay in seine Gewalt gebracht und würde sie am liebsten sofort eliminieren. Doch McKay macht dem Genii unmissverständlich klar, dass er sie nocht braucht, sollte er nicht wollen, dass Atlantis von dem drohenden Sturm zerstört wird. Also lässt er seine Geiseln vorerst am Leben, damit McKay die Konsole einer der Erdungsstationen reparieren kann, die während der Schießerei beschädigt wurde. Nur dann können McKay und Weir das Schutzschild aktivieren, bevor die Sturmflut Atlantis erreicht. Teyla, Lieutenant Ford und Dr. Beckett, die den Sturm in einem Puddle Jumper auf dem Festland abwarten wollten, finden sich urplötzlich im sicheren Auge des Sturms wieder. Sie beschließen, nach Atlatnis zurückzukehren, um dort nach dem Rechten zu sehen. Doch auf dem Weg zurück hat Teyla eine folgenschwere Begegnung. In Atlantis setzt Kommander Kolya mittleweile mehrere seiner Männer darauf an, Major Sheppard gefangen zu nehmen, doch der kann seine Angreifer in eine Falle locken und sie ausschalten. Daraufhin fordert Kolya Verstärkung an, die über das Stargate in Atlantis ankommen soll. Das will Sheppard auf jeden Fall verhindern. Gleichzeitig rollt bereits eine gigantische Flutwelle auf Atlantis zu - und die Schutzschilde sind noch immer nicht intakt...