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Atlantis treibt immer noch steuerlos und ohne Energie im All. Colonel Carter startet mit der Apollo eine Suchmission nach der verschollenen Station. Unterdessen warten die Bewohner von Atlantis nicht ab, bis sie gerettet werden. Dr. McKay modifiziert einen Jumper, um mit ihm durch den Hyperraum fliegen zu können. Ein Team soll damit zum Heimatplaneten der Replikatoren reisen, um dort ein neues ZPM zu stehlen.