Für einen sicheren Internetzugang ist eine kurze Anpassung notwendig.
Allie (Dakota Fanning) lässt sich von Mary Crawford (Heather Donahue) und Dr. Wakeman (Matt Frewer) widerstandslos mitnehmen und rettet so ihre Eltern und die Therapiegruppe. Mit einem Helm schirmen die beiden Wissenschafter das Implantat in Allies Kopf vor den Ausserirdischen ab. Sie wollen mit dem Signal zur gegebenen Zeit ein UFO herbeirufen. Doch dann werden sie in ihren Vorbereitungen unterbrochen: General Breers (James McDaniel) taucht mit Soldaten auf, um Allie mitzunehmen. Das Alien-Projekt wird offiziell dem Militär unterstellt, Dr. Wakeman als Berater beigezogen, Mary ohne Begründung ausgebootet. Doch Mary, die ihr ganzes Leben der Alien-Forschung geopfert hat, lässt sich nicht so einfach abschütteln. Sie verschafft sich Zutritt zum militärisch abgesperrten Forschungsgelände, wo die Kleine gefangen gehalten wird. Währenddessen suchen auch Charlie (Adam Kaufman) und Lisa (Emily Bergl) verzweifelt nach ihrer Tochter. Dank Lisas enger mentaler Verbindung zu Allie gelangen auch sie in die Sperrzone in der Wüste. Als die UFO auf Allies Signal hin landen, geht für Mary ein lang gehegter Wunsch in Erfüllung.