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Neku beginnt das Spiel der Reaper neu und muss einen Pakt mit einem mysteriösen Jungen namens Joshua Kiryu eingehen. Im Gegensatz zu den anderen Spielern stellt Neku fest, dass er Joshua scannen kann und ihm flüchtige Erinnerungen an seine verlorenen Erinnerungen zeigt. Die beiden treffen bald auf den neuen Game Master, Sho Minamimoto, der beginnt, die anderen Spieler gegeneinander aufzuhetzen. Am nächsten Tag, als das Wiederaufleben seiner Erinnerungen Neku dazu veranlasst, Joshua gegenüber misstrauischer zu werden, stellen sich die beiden einer neuen kraftvollen Form von Noise, die als Taboo Noise bekannt ist und aus Minamimotos Kunstwerken stammt. Nachdem er Eri beim Blumenkauf für Shiki beobachtet hat, scannt Neku Joshua erneut und zeigt ihm eine Vision von seinem Tod in Udagawa. Bevor Neku Joshua Fragen stellen kann, erscheint Beat als Reaper vor ihnen.