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Ein interdimensionales Wesen namens Doomquest kommt auf die Erde, um zu versuchen, einen mächtigen Kristall von Lord Dregg zu erhalten. Die Schildkröten stellen fest, dass ihre instabilen Mutationen dazu führen, dass sie ihre Intelligenz verlieren, wenn sie in ihre neuen Formen mutieren. Am Ende ist April in der Lage, Lord Dreggs wahre Absichten erfolgreich der Welt zu zeigen.