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Obwohl Yoshino in den Arm geschossen wurde, gelingt es ihm zusammen mit Mahiro und den anderen, die Flotte wegzuziehen und Megumu zu erlauben, sich ohne Ablenkung dem Baum der Genesis zu stellen. Als Megumu besiegt werden soll, verwandelt sich der Baum des Exodus in ein riesiges Schwert, mit dem er den Baum der Genesis endgültig zerstört. Einen Monat nach dem Verschwinden der Bäume unterstützt Takumi den jetzt machtlosen Kusaribe-Clan. Megumu findet den Mut, sich mit seiner Freundin zu versöhnen, und sie gehen wieder miteinander aus. Mahiro und Yoshino erfahren den Inhalt von Aikas letzter Botschaft, in der sie den beiden für alles dankt, was sie mit ihr gemacht haben, und sie bittet, mit ihrem Leben fortzufahren. Während Mahiro mit einem Mädchen ausgeht, das er vor dem Eisensyndrom gerettet hat, verlässt Hakaze das Dorf Kusaribe und trifft sich wieder mit Yoshino.