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Nach der Schlacht der Avenger in New York City beginnt die Menschheit zu realisieren, dass unter ihnen Superhelden, Götter und Aliens leben. Agent Coulson, der seinen offensichtlichen Tod überlebt hat, formt ein Elite-Team, um einen interessanten Fall zu untersuchen: Mike Peterson scheint Superkräfte zu besitzen, denn er springt aus dem fünften Stock eines explodierenden Gebäudes, um eine Frau zu retten. Außerdem ist das Team auf der Suche nach einer Hacker-Gruppe, die sich „Rising Tide“ nennt und relevante Informationen besitzt. Nachdem die Agents of S.H.I.E.L.D. Skye, ein Mitglied der Rising Tide, gefasst haben, möchte diese zunächst nicht kooperieren. Doch dann hilft sie dem Agententeam. So wird aufgeklärt, dass Peterson seine übermenschlichen Kräfte dank einer Technologie besitzt, die er von einer extremistischen Organisation erhalten hat. Als die Agenten das explodierte Gebäude untersuchen, finden sie heraus, dass der Grund des Unfalls eine weitere Testperson war, die explodierte. Um Peterson zu schützen, nehmen sie seine Fährte auf. Doch Peterson kidnappt Skye und flieht, da er davon ausgeht, dass die Agents of S.H.I.E.L.D. ihn und seinen Sohn bedrohen.