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In einem postapokalyptischen Ödland kämpfen Empress/Black Rock Shooter, Dead Master und Strength gegen Roboter, werden aber besiegt. Eine Frau namens Lunatic freut sich darüber, dass sie versagt haben. Zwanzig Jahre später, im Jahr 2062, hat die Menschheit immer noch einen Widerstand gegen die Maschinen. In einem unterirdischen Labor bricht Black Rock Shooter aus einer Kapsel aus und erinnert sich an nichts außer Leuchtturm Nr. 8. Sie findet Kleidung und eine Waffe und trifft ein Bruder-Schwester-Team von Aasfressern, Norito und Miya. Ein Roboter greift sie an, aber sie zerschmettert ihn mit bloßen Händen. An der Oberfläche greifen weitere Roboter an, aber ein sprechendes Motorrad, Black Trike, das ihre Kaiserin anruft, wird aktiviert und bietet ihre Dienste an, damit sie sich in Sicherheit bringen. Als Lunatic von der Rückkehr der Kaiserin erfährt, trifft er Sukuruma Stars Smiley und sie stellen ihre Truppen zusammen.