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Brennan und das Jeffersonian-Team versuchen verzweifelt Booth aus dem Gefängnis herauszuholen und seinen Namen reinzuwaschen. Die Überreste eines Mannes, der seit 16 Jahren tot ist, könnten der Ursprung der ganzen Verschwörung gegen Booth sein. Derweil muss sich Booth mit dem neuen politisch ambitionierten FBI-Agent (John Boyd) auseinandersetzen. Als Booth auf seine Verhandlung wartet, realisiert er, dass eine Menge der Verurteilten mit denen er einsitzt, seinetwegen im Gefängnis sind. Daisy und Sweets haben eine Überraschung für ihre Kollegen...