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Nachdem Conan den Fall des abgebrannten Apartmentkomplexes lösen konnte, sind in der Stadt merkwürdig gepunktete Papierflieger aufgetaucht. Kurze Zeit später haben Conan und Subaru Okiya, ein ehemaliger Mieter der abgebrannten Wohnungen, den Code auf den herumfliegenden Papierfliegern entschlüsselt und ihn als SOS identifizieren können. Subaru wohnt vorerst in Shinichis Haus, wodurch sich Conan einen besseren Schutz des Hauses vor der Schwarzen Organisation verspricht. Nun bieten die beiden sich einen Detektivwettkampf.