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Die Kolonie Heliopois wird von ZAFT-Einheiten attackiert, obwohl der Staat seit Kriegsbeginn neutral ist und nicht am aktuellen Kampfgeschehen teilgenommen hat. Der junge Coordinator Kira und seine beiden Freunde Miriallia und Tolle befinden sich zufällig in einer geheimen Station, als der Angriff beginnt. Sie sehen durch Zufall die Mobile Suit Gundams, die in diesem geheimen Stuetzpunkt hergestellt werden.