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Während Lloyd seine jungen Schüler Arin und Sora im Ninja-Kloster trainiert, taucht am Himmel das alte Ninja-Flugschiff auf und schrammt haarscharf an den Ninja vorbei. Doch mit einem mutigen Sprung schaffen es die drei zusammen mit dem Drachen Riyu auf das Schiff, um nach Hinweisen zu suchen. Die führen sie direkt in das Land der Stein-Monster.