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Nachdem er Jin als komplettes Wrack entdeckt hat, erklärt Baron Gammon, wie der Anführer von POG, Count Pythagoras, einen Konflikt zwischen Kaito und Rook herbeiführen will, um das Tor zum Puzzle of God zu öffnen, während Kaito nachliest, was Cubic gefunden hat im POG-Netzwerk. Vor Jahren versuchte Pythagoras einmal, Phi Brain mit Jin zu erreichen, der einen Vertrag mit Orpheus schloss und ein Löser für POG wurde. Eines Tages erhielt Jin jedoch eine Vision der Zukunft, die zeigt, wie die Welt von Pythagoras zerstört wird. Jin verließ POG, während Baron blieb, um ein Geber zu werden, und arbeitete zusammen, um einen Weg zu finden, um zu verhindern, dass Pythagoras die Gottesrollen erreicht. Zwei Jahre vor der Geschichte ging Jin, um gegen Pythagoras im Puzzle of God zu kämpfen, obwohl die Ergebnisse nicht bekannt sind. Als Kaito und die anderen Dateien eine versteckte Datei im POG-Netzwerk entdecken, die 'Pythagoras ist tot“, erscheint Rook vor ihnen und enthüllt, dass er seit Pythagoras' Tod vor einem halben Jahr derjenige ist, der die Kontrolle über die POG hat. Als Rook sich als Orpheus-Auftragnehmer entpuppt, zeigt Kaitos Vision, dass er selbst angeblich für die Zerstörung der Welt verantwortlich ist.