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Team Rocket erhält von Giovanni den Befehl, Urlaub zu machen, was anscheinend für alle Team Rocket-Mitglieder gilt, aber während sie es sich im Sinnoh Region Resort Area gemütlich machen, stürzen Matori und ihr Elite-Team herein und schnappen sich Pokémon! Jetzt müssen Jessie, James, Meowth und Wobbuffet mit Ash und Go, die ebenfalls in Sinnoh sind, zusammenarbeiten, um Matori zu stoppen, ohne dass die beiden Trainer herausfinden, wer sie sind, und ohne dass das Hauptquartier herausfindet, dass sie gegen ihre Anweisungen verstoßen.