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Rizzoli und ihr Team bekommen es mit einem außergewöhnlichen Fall zu tun. Ein Mann wird tot in einem versteckten Bunker in seiner Wohnung gefunden, den er für den Fall eines Weltuntergangs gebaut hat. Maura geht davon aus, dass er durch ein geruchloses Giftgas starb, womit der Raum geflutet wurde. Doch wie konnte das Gas in den abgedichteten Hochsicherheitsraum geraten? Die Weltuntergangsstimmung scheint sich auf das gesamte Team zu übertragen und bringt alle dazu, über ihre Zukunft nachzudenken. Jane ist entsetzt als sie entdeckt, dass Korsak sich zur Ruhe setzen will und auch Frank hat ein Geheimnis.