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Sonic ist extrem wasserscheu. Deshalb fällt ihm der Weg zum Hafen schwer. Doch die Igelköpfe haben einen Hinweis erhalten, dass ihre Mutter sich dort befindet. Angekommen, lernen die Geschwister Kapitän Squeege kenne, der sein Schiff nach Königin Aleen genannt hat und den Igeln helfen will. Denn die ganze Stadt hat Angst vor dem Riesen-Wal Moby Deep, der im Hafen sein Unwesen treibt. Deshalb haben sich die Bürger auch an Robotonik, den Feind gewandt, damit der den Wal bekämpft. Das wollen jetzt die Igel übernehmen und stechen mit dem Kapitän in See. Nur Sonic bleibt an Land. Dort entdeckt er, dass Robotoniks Handlanger mit einem U-Boot Schiffe im Hafen rammen, um so den Anschein zu erwecken, der Wal treibe sein Unwesen. Sonic muss jetzt tapfer sein und seine Wasserscheu überwinden