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Erneut machen sich die drei Igel auf die Suche nach ihrer Mutter. Dabei begegnet ihnen der Freiheitskämpfer Rudy, gegen den sich seine eigenen Leute gestellt haben, nachdem diese von seltsamen Fliegen gestochen wurden. Die drei Helden vermuten, dass Robotnik dahinter steckt. Und richtig, der Doktor hat die so genannten Flybots ausgesandt, damit sie aus all ihren Opfern willenlose Sklaven machen. Als Sonic, Manic und Sonia ein Exemplar fangen wollen, wird Manic gestochen und spioniert nun seine Geschwister aus…