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Eggman erschleicht das Vertrauen der Metarex, um heraus zu bekommen, was sie vorhaben. Und in der Tat: Als nächstes wollen sie das Universum aufräumen und alles tierische Leben vernichten. Sonic X und seine Freunde überlegen, wie sie die Metarex davon abhalten können, das Universum aufzuforsten.