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Nachdem die heutigen Schildkröten wieder mit Energie versorgt wurden, haben die Schildkröten der Vergangenheit nur noch 3 Stunden Zeit, um zu ihrer Zeit zurückzukehren, oder sie werden alle aufhören zu existieren. Während der 15 Stunden, die benötigt wurden, um die Schildkröten wieder mit Energie zu versorgen, wurde der Rest der Invasionsflotte von Dregg fertiggestellt und auf die Stadt losgelassen. Jetzt müssen die Schildkröten und Carter Dregg, Krang und Shredder stoppen.