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Wayward Pines wird durch eine Rebellion gegen die Schreckensherrschaft der ersten Generation erschüttert. Inmitten dieser Unruhen findet sich plötzlich der Chirurg Dr. Theo Yeldin wieder, als er aus seinem Kälteschlaf geweckt wird. Der Neuankömmling merkt, dass Wayward Pines keine Stadt wie jede andere ist. Bald wird auch ihm klar, dass die Zukunft der gesamten Menschheit auf dem Spiel steht. Megan Fisher kümmert sich weiterhin um die Entwicklung der ersten Generation, leitet nun aber zudem die wissenschaftlichen Untersuchungen an den Abbies, die jenseits des schützenden Zaunes lauern …