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Theo hat Schwierigkeiten, sich mit seinem neuen Leben in Wayward Pines zu arrangieren. Doch dann erkennt er, als einziger Chirurg in der Stadt kann er Druck auf Jason Higgins, den Anführer der ersten Generation, ausüben, um die Wahrheit über Wayward Pines zu erfahren. Während Theresa Burke auf der Suche nach ihrem vermissten Sohn Ben ist, führt CJ Mitchum, ein Experte über die Stadt und einer ihrer ersten Bewohner, ein überlebenswichtiges, jedoch lebensgefährliches Projekt außerhalb des Stadtzaunes an.