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Ein CIA-Informant wird ermordert aufgefunden, also müssen Booth (David Boreanaz) und CIA-Agent Danny Beck (Freddie Prinze, Jr.) zusammenarbeiten, um einen afghanischen Terroristen zu schnappen. Auch Brennan (Emily Deschanel) arbeitet mehr mit Booth zusammen, doch beide müssen sie auch fragen, was dies für deren beider Familien bedeutet.