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Während die Frontier- Flotte ihren Kampf gegen die Vajra fortsetzt, kommt das Macross-Viertel an und rettet Battle Frontier vor einem feindlichen Angriff. Captain Wilder enthüllt Beweise, die beweisen, dass die Anführer der Macross-Galaxie- Flotte hinter den Vajra-Angriffen auf die Macross-Frontier- Flotte steckten und dass Mishima sich mit ihnen verschworen hat. Alto schafft es, die Flotte zu kontaktieren, um zu enthüllen, dass er es im Kampf gegen Brera geschafft hat, den wahren Feind im riesigen Hologramm von Ranka zu sehen. Nachdem er dem Tod durch das Auswerfen seiner VF-171 EX entkommen ist , weist Alto die Crew des Macross-Viertels an, auf das Hologramm zu schießen. Nach dem Quartalschießt, enthüllt es das militärische Flaggschiff der Macross Galaxy- Flotte, Battle Galaxy , und beweist, dass es die wahre Fraktion hinter den Vajra- Angriffen war. Die kombinierten Galaxy/Vajra- Streitkräfte beginnen erneut mit dem Angriff und Island One , das Hauptwohngebiet der Frontier- Flotte, erhält einen heftigen Gegenangriff und wird gefährdet. Während des Kampfes erfährt Alto von Rankas wahrer Situation und spornt Sheryl an, ihm zu helfen, sie aus ihrer Trance zu wecken. O'Connor wird vollständig mit der Vajra-Königin verbunden und beginnt damit, die Grenzstreitkräfte anzugreifen .
Die Grenzstreitkräfte geraten unter der schieren Feuerkraft der Vajra und ihrer Koordination mit O'Connors Kontrolle über den Körper der Königin und ihre Drohnen ins Wanken. Ranka, die nun von O'Connors Einfluss befreit ist, beginnt jedoch zu singen und stört O'Connors Kontrolle über die Vajra durch ihre Lieder.
Ranka wird von Alto aus Battle Galaxy gerettet, wo sie gefangen gehalten wurde. Ranka verschiebt dann die V-Typ- Infektion von Sheryls Gehirn in ihren Unterleib und rettet ihr Leben. Ranka und Sheryl beginnen zusammen zu singen und nehmen den Vajra aus O'Connors Kontrolle. Sie unternimmt einen umfassenden Versuch, Insel eins zu zerstören , aber der Angriff wird von allen Vajra abgewehrt , die von ihrem Einfluss befreit wurden, und viele von ihnen opfern sich dabei. Brera und Alto kämpfen zusammen und besiegen schließlich O'Connor, indem sie den Kopf der Vajra-Königin abtrennen und Alto Michaels Scharfschützengewehr auf sie einsetzt. Die Vajra-Königin Einmal von O'Connors Kontrolle befreit, beginnt das Aimo-Lied zu singen, von dem Ranka behauptet, es sei ein Vajra-Liebeslied, während alle Vajra die Regionen verlassen, die sie angegriffen haben.
Am Ende landet die Flotte von Macross Frontier auf dem Planeten Vajra , wo sich alle Charaktere wiedervereinigen.