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Episode: Heimkehr
Tobi überlebt den Angriff Konans, indem er die Technik Izanagi einsetzt. Er erwähnt außerdem, dass er diese Fähigkeit im Gegensatz zu Danzou Shimura perfekt beherrsche, so wie Rikudou Sennin selbst. Nach einem kurzen Schlagabtausch mit Konan versetzt er sie in ein Gen-Jutsu und zwingt sie damit, den Aufenhaltsort von Nagato preiszugeben. Nachdem das Gen-Jutsu beendet ist, fällt Konan tot zu Boden. Tobi teleportiert sich zu Nagato und nimmt sein Rin'negan wieder an sich. In seinem Versteck wieder angekommen, erscheint er mit einer neuen Maske und erklärt offiziell die Jagdsaison auf Kyuubi.