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Ayato, entsetzt über den Anblick von blauem Blut, das von Maya ausströmt, veranlasst die RahXephon unwissentlich, an der Basis von selbst zu agieren. Hiroko wird auch bewiesen, dass ihre Freunde und Familie nicht das waren, was sie zu sein schienen. Der RahXephon wird von einem Dolem namens Falsetto angegriffen, kann ihn aber besiegen. Hiroko wird verschreckt, als Mamoru in der Mulianer Gesellschaft ist. Als Ayato aus dem Haus rennt, findet er Hiroko, die ihn bittet, mit ihr zu fliehen. Er ruft RahXephon herbei, um ihn und sie aus Tokyo Jupiter herauszuholen.