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Ayato und Hiroko fliehen aus Tokyo Jupiter, doch Futagami tritt in ihre Fußstapfen. Hiroko hat zu viel Angst, um Ayato davon zu erzählen, dass ihr Blut blau wird. Ayato muss jeden Tag arbeiten, um Geld für die Reise zu bekommen. Das RahXephon spürt einen Dolem namens Vibrato und Ayato wird gerufen, um ihn zu bekämpfen. Was Ayato nicht wusste, ist, dass Vibrato direkt mit Hiroko verbunden ist. Sobald Ayato Vibrato zerstört, wird Hiroko dabei getötet, was ihn zutiefst traumatisiert. Futagami holt Ayato schließlich ein und bringt ihn zu Helena.