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Ayato wird per Flugzeugträger zur Basis der TERRA Organisation transportiert. Obwohl er freundlicherweise Quon Kisaragi und Makoto Isshiki vorgestellt wird , wird Ayato eingesperrt, weil er als Bedrohung angesehen wird. Quon, der ein bedrohliches Timbre bemerkt , sieht einen Dolem voraus, in dem die Organisation alles tut, um ihn auszurotten. Geschieht dies nicht, infiltrieren die Dolem den Träger. Ayato ruft in Panik den RahXephon herbei und fordert ihn auf, den Dolem auszulöschen.