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Yorito Morimiya ist ein kleiner Junge, der es liebt, den Himmel zu fotografieren, und eines Tages trifft er am frühen Morgen beim Einrichten eines Schnappschusses des Sonnenaufgangs auf ein seltsames Mädchen. Nachdem sie einige Minuten mit ihr gesprochen hat, verschwindet sie und ist nirgendwo zu finden. Am nächsten Tag kommt Yorito in einer regnerischen Nacht vom Einkaufen zurück und trifft dasselbe Mädchen; dieses Mal findet er heraus, dass sie Matsuri Shihō heißt. Später findet Yorito heraus, dass Matsuri in einer Kirche lebt und macht sich auf die Suche nach ihr. Zur gleichen Zeit wird Matsuri von einem mysteriösen Mann gejagt.