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Während die Crew der Daedalus die neue intergalaktische Brücke von Carter und McKay testet, stoßen sie auf ein Raumschiff der Antiker, das mit annähernder Lichtgeschwindigkeit auf die Erde zurast. Das Antiker-Schiff wurde einst im Kampf mit den Wraith beschädigt und will nun zurück nach Atlantis. Durch die relative Zeitverzögerung im Raum während dieser Reise sind für die Antiker-Crew seither nur wenige Jahre vergangen. Gemeinsam mit der Daedalus fliegen die Antiker nach Atlantis zurück. Sie danken dem Team dafür, dass sie sich in ihrer Abwesenheit um Atlantis gekümmert haben. Desweiteren verlangen die Antiker aber, dass alle bis auf Woolsay Atlantis sofort verlassen. Er soll als Botschafter zurückbleiben. Ronon und Teyla bleiben in der Pegasus-Galaxie, aber der Rest der Crew versucht, ihr Leben auf der Erde wieder aufzunehmen. Doch für alle ist es schwer, sich dort wieder zu integrieren. Sheppard kommt mit seiner neuen Crew nicht richtig klar, McKay langweilt sich in seinem Labor in der Area 51und auch Dr. Weir hat große Probleme mit ihrem Leben nach Atlantis. Wenig später erhalten sie die Nachricht, dass Replikatoren die Antiker auf Atlantis angreifen. General Landry entsendet erneut die Daedalus mit einer nuklearen Bombe an Bord. Er möchte die Stadt lieber komplett zerstören, als sie an die Replikatoren fallen zu lassen. O’Neill und Woolsey sitzen derweil auf Atlantis in der Falle. Das Team muss nun schnellstens einen Weg finden, die beiden Kollegen und Atlantis selbst zu retten …