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O’Neill und Woolsey sind die beiden einzigen Überlebenden des Replikatoren-Angriffs auf Atlantis. Sie verstecken sich in einer verlassenen Sektion der Stadt. Sie wissen von der Atombombe, die Landry auf Atlantis zünden will. Derweil plant Colonel Sheppard mit seinem Team, Atlantis durch das Pegasus-Sternentor zu betreten, um die beiden zu retten. McKay hat vor, Niams Körper zu nutzen, um einen tödlichen Virus in Umlauf zu bringen, der die Replikatoren lang genug außer Gefecht setzten würde, damit sie alle getötet werden können. Doch als Niam plötzlich aufwacht, muss McCay ihn töten. Nun bleibt kaum noch Zeit, einen neuen Plan zu schmieden, bevor die Daedalus mit der nuklearen Bombe an Bord Atlantis erreicht …