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Krang, Shredder, Bebop und Rocksteady brechen in die City Hall of Records ein und stehlen eine Datei mit Karten des Abwassersystems der Stadt aus dem Jahr 1895. Bevor sie zurück ins Technodrom fliehen können, werden sie von den Turtles kollektiv in den Hintern getreten. In der Sicherheit des Technodroms leckt Shredder seine Wunden, gibt Bebop und Rocksteady die Schuld an seinem Versagen, schwört Rache an den Turtles und beschließt, dass er, während Krang mit seinem Ausgrabungsprojekt in der Kanalisation der Stadt beginnt (in der Hoffnung, eine Schatzquelle zu finden), damit beschäftigt ist, seine neuen Untergebenen zu rekrutieren (als Ersatz für Bebop und Rocksteady, die in einem Raum eingesperrt wurden, um sie vor Schaden zu bewahren), um sich ein für alle Mal von den Turtles zu befreien. Beunruhigt und verwirrt von Krangs Interesse an der Kanalisation, machen sich die Turtles auf den Weg, um Nachforschungen anzustellen. Dabei stoßen sie auf Shredder und seine Schurken und ehemaligen Feinde, die rekrutiert wurden, um die Turtles zu vernichten: den Rattenkönig, Slash, Leatherhead, Temptesstra, Scumbug, Anthrax und Chrome Dome.