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Dank Vernons unverantwortlichem Journalismus sehen sich die Turtles gezwungen, das Genforschungslabor zu bewachen. Die TMNT beschützen die genetischen Essenzen zahlreicher Insekten, die von einem lokalen Forscher entwickelt wurden - Essenzen, die entwickelt wurden, um Insekten für bestimmte Zwecke zu erschaffen. Bei dem Versuch, das Portal zur Dimension X zu öffnen, öffnet Krang das Portal "zu dem Ort, an den er Baxter Stockman gebracht hat." Und natürlich kommt Baxter Stockman/Die Fliege herausgeschwirrt und schreit: "Ich bin frei! Ich bin frei!" und übernimmt die Kontrolle über das Technodrom. Baxter ist entschlossen, Shredder und Krang dafür bezahlen zu lassen, dass sie ihn in einen abscheulich deformierten Mutanten verwandelt haben, und sich an allen Menschen auf der ganzen Welt zu rächen. Mit Hilfe von Baxters außerirdischem Computerkumpel erfährt er von den gefährlichen genetischen Substanzen, von denen Vernon nur wenige Augenblicke zuvor berichtet hat. Baxter ist wild entschlossen, diese "gefährlichen genetischen Substanzen" zu "erwerben", um sich zu rächen.