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Beim Surfen in den Stromschnellen des Abwasserkanals wird Michaelangelo von Merdude gerettet, einem Halbmenschen und Halbfisch aus der verlorenen Stadt Atlantis. Merdude verließ Atlantis vor über 200 Jahren auf der Suche nach anderen seiner Art - es scheint, dass Merdude der einzige Mutant in der verlorenen Stadt ist. Doch nun hat er sich verirrt, und die Turtles melden sich mit Donatellos Porta-Tracker freiwillig, um ihm zu helfen, den Weg zurück nach Hause zu finden. An Bord des Technodroms registrieren die Computer von Krang schwache Energiewerte, die von der Umgebung ausgehen. Da die Energiereserven des Technodroms auf einem absoluten Tiefpunkt angelangt sind, hält Krang es für ratsam, dem nachzugehen. Shredder, Bebop und Rocksteady, die für die Erkundung ein viel schnelleres Transportmodul benutzen, entdecken schnell die legendäre verlorene Stadt, und wie es der Zufall will, glauben die Atlanter, dass Bebop (ja, richtig, Bebop!) ihr lange verschollener König ist. Es scheint, als hätten die Atlanter seit Generationen darauf gewartet, dass eine seltsame Kreatur aus dem Meer kommt, um die Stadt zurückzuerobern.