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Nachdem Chuck im Besitz der neuen Intersect-2.0-Fähigkeiten ist, möchte er ein richtiger Spion werden. Er wird deshalb von der NSA zur Ausbildung in die Spionage-Schule nach Prag geschickt. Dort weigert sich Chuck allerdings, ein kaltblütiger Killer zu werden, und fliegt im Nu wieder heraus. Zudem sorgt ein traumatisches Ereignis zwischen Chuck und Sarah vorerst für einen Tiefpunkt in ihrer Beziehung. Währenddessen kehrt Morgan aus der Benihana-Küchenchef-Ausbildung zurück, um Chuck über Sarah hinwegzuhelfen.