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Als die UEO ungewöhnliche Signale wie aus einer anderen Welt empfängt, die auf mysteriöse Weise in Verbindung mit der seaQuest zu stehen scheinen, wird eine Kampftruppe ausgesandt, um das U-Boot zu besetzen und die Quelle der Signale ausfindig zu machen. Es stellt sich heraus, dass Darwin, der Delfin, tatsächlich mit einer Gruppe Außerirdischer in Verbindung steht, die sich in friedlicher Absicht der seaQuest nähern. Dem Raumschiff der Außerirdischen entsteigen schließlich die drei seltsamen Wesen Lemus, Anka und Booa. General Thomas und seine Männer nehmen die drei mit sich, um sie im UEO-Hauptquartier physiologischen und psychologischen Testreihen zu unterziehen. Doch die Außerirdischen verfolgen mit ihrem Besuch auf der Erde ein eigenes Anliegen: Sie sind auf der Suche nach dem Ursprung des Lebens. Um auf dem Blauen Planeten ihren Auftrag erfüllen zu können, transformieren sich Lemus, Anka und Booa in die Körper von Lucas, Ford und Brody. erart getarnt führt sie ihre Suche schließlich in ein Indianer-Reservat. Hier wartet ein alter Irokese auf sie, der Wächter eines geheimnisvollen Objekts, das im Sumpf verborgen schon seit vielen Jahren als Symbol der Hoffnung auf eine friedliche Welt für die Außerirdischen bereitsteht.