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Auf der seaQuest trifft ein Notruf ein: Eine Kinderstimme bittet um Hilfe. Als das U-Boot der Richtung des Signals folgt, gerät es in eine heftige Turbulenz mit unerwarteten Konsequenzen. Navigationschef Ortiz muss bekannt geben, dass die seaQuest aus der Jetzt-Zeit in die Zukunft geraten ist. Es gibt keinen lokalisierbaren Ort der Vergangenheit mehr, an den das Boot zurückkehren könnte. Die Reise in die Zukunft wird nach wie vor von der geheimnisvollen Kinderstimme geleitet, die die Mannschaft der seaQuest schließlich an einen erschreckenden Ort führt. In der futuristischen Welt eines kleinen, völlig menschenleeren Ortes treffen die als Spähtrupp ausgesandten Ortiz, Brody, Henderson und Piccolo auf einen gigantischen Computer, von dem das verfolgte Signal ausgeht. Der Computer stellt sich als ‚Mutter‘ der beiden einzigen überlebenden Menschen der Zukunft vor. Nur ein Teenager-Paar, das seine Zeit mit endlosem Videospiel verbringt, ist von den zerstörungswütigen Menschen übrig geblieben. Vergeblich hat der mächtige Computer versucht, die Geschicke der Menschheit in friedliche Bahnen zu lenken. Nun bittet er die Männer der seaQuest, ihn endgültig außer Betrieb zu setzen und ihrerseits alles für eine bessere Zukunft zu tun.