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Der Perimeter-Alarm schlägt aus: Jemand ist in das Turtles-Quartier eingedrungen. Als die Schildkröten der Sache auf den Grund gehen wollen, finden sie in den Fels gebrannte Fußspuren. Dieses Wesen kann offenbar Stein verflüssigen. Michelangelo, Donatello, Leonardo und Raphael gehen weiter und entdecken ein altes Geheimlabor mit Videologbuch, in dem Shredders Wissenschaftler Genmanipulationen an Menschen vorgenommen haben. Anscheinend flohen die mutierten Bestien aus dem Untergrund.